ВСЕ СТАТЬИ

← Вернуться к статьям
Кроим ДНК на Python — CRISPR gRNA finder, Часть II: Скоринг, off-target и реальный ген.
4 января в 20:29
habr.comнаука

Кроим ДНК на Python — CRISPR gRNA finder, Часть II: Скоринг, off-target и реальный ген.

4 января в 20:29•faviconhabr.com•наука

Кроим ДНК на Python — CRISPR gRNA finder, Часть II: Скоринг, off-target и реальный ген. В первой части мы написали базовый поиск gRNA с фильтрацией по GC-составу. Работает, но тупо: все кандидаты в диапазоне 40-60% считаются равнозначными. В реальности это не так. Сегодня добавим систему скоринга — будем ранжировать gRNA по качеству, учитывая позицию нуклеотидов и особенности U6-промотора. Потом подключим NCBI BLAST, чтобы проверять кандидатов на off-target: не порежет ли Cas9 что-нибудь лишнее в геноме. Тестировать будем на гене CCR5 — том самом, который отредактировал кит...

Еще статьи из категории

Еще статьи